Намира се на около 18 километра югозападно от град Брезник и на 5 километра от село Гигинци, в полите на връх Тумба в планината Църна гора. Манастирът се намира на 1000 м надморска височина и до него се стига по 5 километров асфалтиран път.
Според местни предания Църногорският манастир е съществувал по време на Второто българско царство. През периода на османското владичество неколкократно е бил разрушаван и възстановяван. В началото на XIX век манастирът е бил възстановен, както твърдят преданията, от светогорски монаси, открили заровено аязмо с лековита вода.
В манастира е запазен надпис от 1814 година, в който се споменава кърджалийския главатар Кара Фейзи. Стенописите от края на XIX век са интересни с рисунките на местни ктитори, в които е предадена детайлно брезнишката носия от това време.
След 1989 година манастирът започна да възстановява своя живот като духовен център на Брезнишкия край, съответно на днешната Пернишка област. След постъпването в него на отец Никанор, една личност интересна със своя предишен светски живот, благодарение на неговата предприемчивост към манастира се насочват много, различни по своя вид, дарения, с които са извършени реконструкции на изоставените полуразрушени сгради.
Широките познания на отец Никанор за състоянието на съвременните технологии осигуряват на манастирските сгради електрически ток, Интернет.